15 estudiantes de elite fueron elegidos para ingresar en la prestigiosa Academia Hope’s Peak. Si bien estudiar en este establecimiento supone triunfar automáticamente en la vida, egresar de la institución no será nada fácil. Tras ser encerrados en el colegio, los estudiantes son notificados por el maligno director Monokuma de que la única manera de “graduarse” y obtener su libertad es matando a uno de sus compañeros y lograr salir impune. Para esto, deberán enfrentarse en un juicio en el que, entre todos, decidirán quién cometió el homicidio y sentenciarán al sospechoso a muerte.
